UEFA taurių taurė 1998–1999 m. – 39-asis ir paskutinis UEFA taurių taurės turnyras. Prasidėjo 1998 m. rudenį. Taurę laimėjo Romos „Lazio“ klubas, finale nugalėjęs Maljorkos Palmos „Mallorca“ klubą. Po šio turnyro (kuriame dalyvavo klubai, laimėję savo šalies taurę arba pralaimėję taurės finale Čempionų lygoje rungtyniaujantiems klubams) analogiškus laimėjimus pasiekę klubai nuo 1999 m. dalyvauja UEFA taurėje.