Archeologų teigimu, dabartinės Vėgerių apylinkės [[XIVI amžius|VI]]-[[XIII amžius|XIII]] a. buvo apgyvendintos [[žiemgaliai|žiemgalių]]. XVI a. teismų dokumentai mini valstybinį Vegerių kaimą, [[1602]] m. gavo privilegiją steigti miestelį, rengti turgus ir prekymečius. [[1738]] m. buvo 15 kiemų, [[1745]] m. jau minimas kaip miestelis, [[1766]] m. pastatyta bažnyčia. Būdamas prie [[Kauno gubernija|Kauno]] ir [[Kuršo gubernija|Kuršo gubernijų]] ribos, carinės Rusijos okupacijos metais (XIX a.) išaugo, veikė valdiška pradžios mokykla, keliolika krautuvėlių, smuklių. 1905 m. aktyviai reiškėsi prieš Rusijos valdžią nusistačiusios jėgos, buvo niokojamos degtinę pardavinėjusios valdiškos krautuvės. 1918 m. pab. buvo trumpam įkurtas nieko nespėjęs nuveikti „revoliucinis komitetas“. 1919–1947 m. Vegeriai buvo nuošalaus ir mažiausio Mažeikių apskrities valsčiaus centras, be bažnyčios, veikė rusų stačiatikių, evangelikų liuteronų ir žydų maldos namai. 1923 gyventojų surašymo metu užfiksuoti 3 Vegerių kaimai, miestelis ir bažnytkaimis, visuose buvo 149 ūkiai su 784 gyv. Aktyviai veikė [[Vilniui vaduoti sąjunga]], [[šauliai]] ir kitos nevyriausybinės organizacijos.
II pasaulinio karo pradžioje buvo nužudyta apie 30 sovietinės okupacinės valdžios pareigūnų ir rėmėjų, žydai išvaryti ir nužudyti Mažeikiuose. 1944 m., hitlerinės kariuomenės ir raudonosios armijos fronto linijai 2 mėnesiams nusistovėjus ties Vegeriais, miestelis kautynių ugnies beveik visai sunaikintas. 1944 m. liepos 17 d. kautynėse su vokiečių tankais pasižymėjo sovietiniai artileristai, žuvusiam jų vadui G. Pečkovskiui už tai 1945 m. buvo suteiktas TSRS didvyrio vardas, žuvimo vietoje pastatytas paminklinis akmuo. Sovietinė okupacinė valdžia 1941 m. ir pokario metais ištrėmė 16 asmenų, tremtyje mirė J. Daktaraitytė, A. Daugėla, V. Šešnickas.
