[[1384]] m. minima [[Nemunaičio pilis]], kuri buvo svarbus gynybos centras., nuo [[15191387]] m. minimas miestelis. [[Stanislovas Augustas]] [[1792]] m. [[kovo 19]] d. Nemunaičiui suteikė [[Magdeburgo teisė|Magdeburgo teises]] ir herbą. Po kelių mėnesių dėl politinės suirutės savivalda buvo panaikinta. Vietos gyventojai nenorėjo su tuo susitaikyti ir su [[Rusija|Rusijos]] valdžia bylinėjosi beveik iki XIX a. vidurio, bet prarastų teisių nebeatgavo.
[[1999]] m. [[lapkričio 10]] d. Prezidento dekretu patvirtintas dabartinis [[Nemunaičio herbas|miestelio herbas]].
