JuanChuanas JoséChosė Flores rūpinosi tik savoišlikimu valdžios išlaikymuvaldžioje. PoEkvadoro biudžetas liko tuščias po nepriklausomybės karo ir nesėkmingo bandymo iš Kolumbijos atimti [[Kaukos Slėnio departamentas|Kaukoa provinciją]] [[1832]] m. EkvadoroEkvadore biudžetaskilo liko tuščias. Nepasitenkinimasnepasitenkinimas generolu apėmė visą šalį ir sukilimas Gvajakilyje [[1845]] m. privertė Floresą išvykti iš Ekvadorošalies. Kadangi Floresą nuvertusi koalicija nugalėjo kovo mėn.mėnesį (isp. ''marzo''), ji vadinama markistais. Jiems priklausė liberalūs intelektualai, konservatyvūs kunigai, ir Gvajakilio verslininkai. Kitus 15 metų markistai be perstojo kovojo tarpusavyje ir atreminėjo Floreso bandymus grįžti iš tremties. Svarbiausias to laikmečio asmuo buvo generolas [[JoséChosé MaríaMarija Urvina]], po perversmo buvestapęs prezidentu [[1851]]-[[1856]] m. ir dominavęs šalies politikoje iki [[1860]] m. Jam valdant prasidėjo politinė kova tarp Kito koncervatorių ir Gvajakilio liberalų, kuri tęsėsi iki XIX a. devinto dešimtmečio.
[[1859]] m.metus Ekvadoro istorikai vadina ''Siaubingais metais''. Vietiniai karo vadai atskyrė keletą regionų nuo centrinės valdžios. Vienas iš jų buvo GuillermoGuilermo FrancoFranko Gvajakilyje, Mapasinkvės sutartimi atidavęs pietines Ekvadoro provincijas Peru armijai, kuriai vadovavo [[RamónRamónas CastillaKastilja]]. Tai įsiutino įvairias tarpusavyje kovojančias grupuotes. GarcíaGarcija Moreno atsisakė planų paversti Ekvadorą Prancūzijos protektoratu ir suvienijo jėgas su JuanChuanu JoséChosé FloresFloresu, kad išvytų peruiečius ir prijungtų atsiskyrusius regionus. FrancoFranko buvo nugalėtas Gvajakilio mūšyje ir jo sutartis su Peru anuliuota.
GarciaGarsija Moreno buvo aršus konservatorius, labai gynęs katalikybę. Jo sukurta [[1861]] m. Ekvadoro konstitucija suteikė prezidentui daug galių, o pagal [[1869]] m. konstitucija padarėkatalikybė katalikybętapo valstybine religija ir vienintele legalia šalyje. Jis uždraudė [[Laisvieji masonai|Laisviusius masonus]], vertė kunigus vertė laikytis celibato, perdavė švietimą jėzuitams. [[1875]] m. prezidentąkolumbietis MorenoFaustino Lemos Rajo užpuolė su mečete ir nužudė kolumbietisprezidentą Faustino Lemos RayoMoreno. Jo paskutiniai žodžiai buvo ''Dievas nemiršta''.
