Muziejus pastatytas 1910−1930 m. laikotarpiu pagal architekto AlfredAlfredo MesselMeselo projektą. Statyboms vadovavo architektas LudwigLiudvikas HoffmannHofmanas. Muziejus pastatytas vietoj toje pat vietoje buvusio mažesnio muziejaus, kuriame buvo eksponuojamas atstatytas garsusis [[Pergamono altorius]], pagal kurį pavadintas muziejus. Nuo 2013 m. iki 2019 m. vykdomas pastato restauravimas, kurio metu kai kurios muziejaus ekspozicijos, tarp jų Pergamono altoriaus, yra lankytojams neprieinamos.
Muziejuje reprezentuotos trys Valstybinių Berlyno muziejų institucijos:
