Per kelis vėlesnius dešimtmečius Ordino galią sekino vidiniai [[valstybė]]s nesutarimai. Prūsijos miestai ir žemvaldžiai už didelius mokesčius reikalavo teisių valdant valstybę ir [[1440]] m. įkūrė „Prūsų sąjungą“. [[1453]] m. su šia sąjunga susivienijo Lenkijos karalius [[Kazimieras Jogailaitis]]. [[1454]] m. prasidėjo Ordino miestiečių sukilimas. Po šio karo sudaryta [[1466]] m. taika. Ordinas Lenkijai atidavė Pamarį, Kulmą, taip pat dalį [[Varmė]]s su Ordino sostine Marienburgu. Be to, Didysis ordino magistras tapo Lenkijos karaliaus [[vasalas|vasalu]]. Ordino [[sostinė]] buvo perkelta į Karaliaučių.
Toliau paskui karalius Vytautas laimėjo Žailgyrio mušį tai buvo 1410 Liepos 2 diena
=== Reformacijos įtaka ===
[[1517]] m. kilusios bažnyčios [[reformacija|reformacijos]] idėjos greitai plito ir Ordino valstybėje. [[Martinas Liuteris|Martino Liuterio]] patarimu, paskutinis Didysis ordino magistras Brandenburgo markgrafas [[Albrechtas Brandenburgietis|Albrechtas]]<ref>[http://www.worldroots.com/cgi-bin/gasteldb?@I16838@ Prūsų kunigaikštis Albrechtas]
</ref> perėjo į [[liuteronybė|liuteronybę]] ir [[1525]] m. gavęs dėdės, karaliaus [[Žygimantas Senasis|Žygimanto Senojo]], sutikimą, [[Krokuva|Krokuvoje]] iškilmingai prisiekė Žygimantui, kaip Prūsų kunigaikštis ir įkūrė pasaulietinę [[Prūsijos kunigaikštystė|Prūsijos kunigaikštystę]] (sostinė [[Karaliaučius]]). Nuo to laiko ordino valstybė tapo pasaulietine kunigaikštyste. Daugumas ordino brolių taip pat perėjo į liuteronybę ir tapo dvarininkais. [[1562]] m. paskutinis [[Livonijos ordinas|Livonijos ordino]] magistras [[Gotardas Ketleris]] (''Gotthard Kettler'') tapo pasaulietinės [[Kuršo kunigaikštystė]]s su sostine [[Mintauja]], dab. [[Jelgava]]) kunigaikščiu. Prūsija buvo Lenkijos karalystės vasalė, Kuršas – LDK vasalas. Likusi Livonija buvo prijungta prie LDK, o Šiaurės Estija atiteko [[Švedija]]i. Nuo [[1569]] m. LDK priklausiusios Livonijos žemės tapo Abiejų Tautų Respublikos nuosavybe. Tik maža jų dalis tepanorėjo likti ištikimi katalikybei ir išsikraustė į Vokietiją, kur ordinas turėjo daugybę turtingų savo skyrių. Ten ordinas išliko iki [[1809]] m., kada jį panaikino [[Napoleonas]], o [[Austrija|Austrijoje]] pertvarkytas jis išliko net iki mūsų laikų. Tuo būdu buvusi katalikybės atrama rytuose, ordino valstybė, pirmoji priėmė protestantizmą ir atsisakė nuo katalikybės. [[1618]] m. mirus Albrechto sūnui, Prūsija atiteko jo giminaičiams, Brandenburgo elektoriams. [[1701]] m. iš tų dviejų jungtinių kunigaikštysčių išaugo galinga Prūsų karalystė, kuri pagaliau atsistojo visos Vokietijos priešakyje.
