Katedra įkurta 1993 m. reugsėjorugsėjo mėn. Jos ištakos - tuometinėje Statybos fakulteto Darbo ir aplinkos apsaugos katedroje. Pirmuosius metus pagrindinių universitetinių studijų programos pavadinimas buvo "Pramonės aplinkosauga", o nuo 1997 metų - "Aplinkos apsaugos inžinerija". Aplinkos apsaugos inžinerijos studijų programa aprėpia įvairias aplinkos apsaugos problemas: oro valymo technologijas, atliekų tvarkymo sistemos ypatybes aplinkos monitoringo sistemas, pramonės ir transporto aplinkosaugą ir kt., o pastaruoju metu - ir aplinkos apsaugos vadybą. Nuo 1993 m. pradėtos rengti Aplinkos inžinerijos magistrantūros studijos. Sėkmingai užbaigus magistrantūros studijas, tolesnes studijas galima tęsti doktorantūroje arba dirbti pagal įgytą kvalifikaciją valstybinėse ir privačiose aplinkosauginėse tarnybose.
Katedros vedėjas yra prof. habil. dr. [[Pranas Baltrėnas]].
