Iš viso Kuršių nerijos nacionalinionacionaliniame parke auga apie 900 augalų rūšių (iš kurių 31 įrašytos į [[Lietuvos raudonoji knyga|Lietuvos Raudonąją knygą]]).<ref>{{cite web|url=http://www.visitneringa.com/lt/main/know/neringa/nerija|title=Kuršių nerijos nacionalinis parkas|accessdate=2015-05-30|archiveurl=https://web.archive.org/web/20141207205229/http://www.visitneringa.com/lt/main/know/neringa/nerija|archivedate=2014-12-07}}</ref> Čia auga kitur Lietuvoje neaptinkama [[pajūrinė zunda]], [[tyrulinė erika]] ir daugybė augalų, būdingų atviriems smėlėtiems dirvožemiams. Parkas garsėja smėlingiems biotopams būdingomis smėlinėmis [[auslinda|auslindomis]].
Senųjų pajūrio [[pušis|pušynų]] fragmentų išlikę tik prie [[Juodkrantė]]s ir [[Nida|Nidos]]. Vyrauja jauni paprastosios ir kalninės pušies medynai. Parke auga grybai.
