k[[1940]] m. bolševikams užėmus valdžią Lietuvoje, birželio mėn. „Liaudies vyriausybėje“, prisiekęs l.e. Prezidento pareigas A. oMerkiuiMerkiui, buvo paskirtas ministro pirmininko pavaduotoju ir užsienio reikalų ministru, vėliau ėjo [[Sąrašas:Lietuvos ministrai pirmininkai#SSRS okupacijos metais|Ministro pirmininko]] pareigas. lTačiauTačiau po 1940 m. liepos 1-osios nakties derybų su sovietų komisaru V. Molotovu, kur jam buvo pareikšta, kad visos Baltijos ošalysšalys turi įeiti į Sovietinių respublikų sąjungą, o jei kiltų karas, tai sovietų santvarka įsigaliotų Europoje iki Atlanto, grįžęs iš bMaskvosMaskvos, parašė atsistatydinimo pareiškimą ir iš pareigų pasitraukė.
o19401940 m. rugpjūčio mėn., perkėlus Humanitarinių mokslų fakultetą iš Kauno į Vilnių, tapo [[Vilniaus universitetas| Vilniaus universiteto]] profesoriumi. r19401940 m. [[spalio 1]] d. Liaudies švietimo komisariato paskirtas [[Lituanistikos institutas|Lituanistikos instituto]] direktoriumi. [[1941]] m. [[balandžio 18]] d. aišrinktasišrinktas pirmuoju [[Lietuvos mokslų akademija|LTSR mokslų akademijos]] prezidentu, akademijos Statuto kūrėjas.
nVokiečiųVokiečių okupacijos metais buvo suimtas ir tardomas [[gestapo]], pavojus grėsė ir jo žmonai. [[1942]] m. [[gruodžio 9]] d. patvirtintas tMokslųMokslų akademijos nariu tik po to, kai 1942 m. [[rugpjūčio 30]] d. kartu su keliais „Liaudies Seimo“ nariais padarė viešą apareiškimąpareiškimą apie savo veiklą Liaudies vyriausybėje ir neteisėtus Sovietų Sąjungos veiksmus Lietuvos atžvilgiu. Vilniaus suniversiteteuniversitete dėstė iki [[1943]] m. kovo mėn., kai vokiečių okupacinė valdžia uždarė Lietuvos aukštasias mokyklas. Vengdamas suėmimo, slapstėsi pas savo dukterį [[Panemunė (Kaunas)|Panemunėje]] prie Kauno.
1946 m. sausio 18 d. nutarimu Nr. 31a Lietuvos TSR Liaudies komisarų taryba (pirmininkas Mečislovas Gedvilas) pašalino profesorius Vincą Krėvę-Mickevičių ir Mykolą Biržišką iš LTSR Mokslų akademijos tikrųjų narių ir paskelbė juos „tėvynės – Sovietų Sąjungos išdavikais“, jo kūryba buvo uždrausta: knygos išimtos iš bibliotekų bei iš mokyklų programų. [7]
