Augo valstiečių šeimoje. Baigė pradinę mokyklą [[Daukšiai|Daukšiuose]], vėliau mokėsi [[Marijampolės gimnazija|Marijampolės gimnazijoje]] ir [[Seinų kunigų seminarija|Seinų kunigų seminarijoje]]. 1884 m. persikėlė į JAV, dirbo pastoracinį darbą mišrioje čekų – lenkųčekų–lenkų parapijoje ''Independence'' vietovėje ([[Viskonsinas|Viskonsino valstija]]). Bendraminčiai kunigai V. Čižauskas ir Dr. M. Kasakauskas prikalbino jį persikelti į [[Niujorkas|Niujorką]], kur norėjo kartu įkurti lietuvišką draugiją, panašią į lenkų „Związek Norodowy Polski“. Šis sumanymas, kaip ir bandymas įkurti lietuvišką parapiją nepavyko, todėl 1886 m. jis pervažiavo į ''Freeland'' (Pensivanijos valstija), o vėliau į ''Plymouth''[[Plimutas (Pensilvanija)|Plimutą]], kur klebonauja mišrioje lenkų – lietuviųlenkų–lietuvių parapijoje. Patarajame mieste [[1886]] m. [[lapkričio 22]] d. kartu su bendražygiais sušaukia lietuvių katalikų suvažiavimą ir įkuria ''Susivienijimą Visų Draugysčių Katalikiškų Lietuviškų Amerike'', yra išrenkamas šios draugijos pirmininku. Entuziazmo buvo daug: Antanas Varnagiris telkdamas lietuvius rašė į spaudą (daugiausiai į [[Vienybė Lietuvninkų|„Vienybė Lietuvininkų“]]), ruošėsi net įsteigti lietuvišką vienuolyną ir mokytojų seminariją. Vėliau įkarštis išblėso ir 1887 m., Draugijos''Susivienijimo'' Antrojo suvažiavimo metu, A. Varnagiris iš užimamų pareigų atsistatydino, likdamas ''Susivienijimo''organizacijos dvasios tėvu. 1888 metais atsisakė ir šių pareigų, o 1889 m. metė kunigystę.
1893 m. baigė [[Pensilvanija|Pensilvanijos]] Džefersono medicinos kolegiją ({{en|Jefferson Medical College}}), įgijo teisę užsiiimti medicinine praktika. Nuo lietuviškos veiklos atsiribojo ir Ikiiki pat mirties dirbo gydutojogydytojo darbą Vilks BarisBario mieste.
