[[2005]] m. spalį al-Baširo vyriausybė derybomis užbaigė vieną iš ilgiausių ir kruviniausių karų XX a., [[Antrasis Sudano pilietinis karas|Antrąjį Sudano pilietinį karą]], ir suteikė ribotą autonomiją [[Pietų Sudanas|Pietų Sudanui]]. Tačiau tęsėsi smurtinis [[Darfūro krizė|konfliktas Darfūre]], per kurį žuvo tarp 200 000 ir 400 000 žmonių. Jo valdymo metu, šalyje susikūrė įvairios sukilėlių grupuotės ir Darfūre prasidėjo [[partizaninis karas]]. Dėl pilietinio karo 2,5 milijono žmonių neteko pastogės ir įsivyravo įtampa tarp Sudano ir [[Čadas|Čado]].
Al-Baširas - kontraversiškakontroversiška asmenybė tiek gimtinėję, tiek ir pasaulyje. [[2008]] m. liepos mėnesį, Tarptautinis Baudžiamasis Teismas (TBT) apkaltino al-Baširą dėl [[Genocidas|genocido]], [[Nusikaltimai žmoniškumui|nusikaltimų žmoniškumui]] ir [[Karo nusikaltimai|karo nusikaltimų]] rengimo [[Darfūras|Darfūre]]. [[2009]] m. kovo mėnesį, teismas išdavė al-Baširo arešto orderį dėl karo nusikaltimų ir nusikaltimų žmoniškumui, tačiau buvo nuspresta, jog nėra pakankamai įrodymų dėl genocido vykdymo. Tačiau, [[2010]] m. liepos 12 d. teismas nusprendė, kad iš tiesų yra pakankamai įrodymų, dėl genocido ir išdavė antrąjį orderį. Bet Sudano vyriausybė nevykdė teismo orderių. Al-Baširas yra pirmasis [[valstybės vadovas]], kuriam kaltinimus pareiškė TBT. Teismo sprendimui pasipriešino [[Afrikos Sąjunga]], [[Arabų Lyga]], [[Neprisijungimo judėjimas]], Kinija ir Rusija. [[Wikileaks]] paskelbė, jog Sudano prezidentas pasisavino 9 mlrd dolerių valstybinių lėšų.
