Muziejus pastatytas 1843−1855 m. laikotarpiu pagal architekto Friedrich August Stüler projektą. Jis buvo pavadintas Naujuoju, kad atskirti nuo anksčiau pastatytiopastatyto (dabar vadinamo [[Senasis muziejus|Senuoju]]) pirmojo muziejaus Muziejų saloje. Naujojo muziejaus pastatas buvo subombarduotas [[antrasis pasaulinis karas|antrojo pasaulinio karo]] (apie 1944 m.) metu ir jo atstatymu pradėta rūpintis tik po 1980 m. Konkretūs statybos darbai prasidėjo 2003 m. vadovaujant britų architektui [[David Chipperfield]]. 2009 m. muziejus atidarytas naujai ir jo karo bombardavimų likučiai sumaniai inkorporuoti į restauracinį modernų muziejaus kompleksą.
Muziejuje reprezentuotos trys Valstybinių Berlyno muziejų institucijos:
