FreeBSD naudoja unikalų metodą programinei įrangai įdiegti, pavadintą FreeBSD portų/paketų sistema. Ši sistema sudaryta iš katalogų hierarchijos, kuriuose yra patalpintos kiekvienai aplikacijaiprogramai specialiai sukurtos bylos ''Makefile'', o programinės įrangos diegimui naudoja ''make'' įrankį. Naudojant šį įrankį galima greitai ir patogiai įdiegti, pašalinti arba atnaujinti sistemos programinę įrangą. Portų sistemoje straipsnio rašymo metu yra daugiau negu 19000 įvairių aplikacijųprogramų ir jų skaičius nuolatos didėja. Kiekvienas portų programinės įrangos paketas turi savo prižiūrėtoją ''(maintainer)'', kuris yra atsakingas už porto atnaujinimą, priežiūrą bei klaidų taisymą.