Vykstant apoptozei, negrįžtamai aktyvuojamasaktyvuojama proteolizinių baltymų [[kaspazė|kaspazių]] ([[cisteinas|cisteino]] [[proteazė|proteazių]]) kaskadaskaskada. Aktyvuotos kaspazės proteoliziškai aktyvuoja kitas prokaspazes. Kai kurios kaspazės ardo struktūrinius ląstelės baltymus, pvz. [[Ląstelės branduolys|branduolio]] apvalkalo, [[citoskeletas|citoskeleto]] ir tarpląstelinių jungčių baltymus bei aktyvuoja [[endonukleazė|endonukleazę]], kuri suskaldo branduolio [[DNR]].
