STT buvo įkurta [[1997]] m. [[vasario 18]] d. prie [[Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerija|Vidaus reikalų ministerijos]]. Darbuotojų kolektyvas buvo suformuotas iš žmonių, turėjusių darbo kitose teisėsaugos institucijose patirtį, aukštąjį teisinį išsilavinimą turėjusių specialistų.
STT struktūrą sudaro: Administravimo, Analitinės antikorupcinės žvalgybos, Centrinės tyrimų, Informacinių technologijų, TyrimoTyrimų koordinavimo, [[Korupcija|Korupcijos]] prevencijos ir Veiklos administravimo valdybos, Antikorupcinio švietimo, Biudžeto ir finansų, Saugumo, Komunikacijos, Pranešimų nagrinėjimo, Teisės, Tarptautinio bendradarbiavimo, Vidaus audito ir Žmogiškųjų išteklių valdymo skyriai. Nuo [[1997]] m. rugsėjį buvo įkurti teritoriniai STT skyriai [[Kaunas|Kaune]], [[Klaipėda|Klaipėdoje]], [[Šiauliai|Šiauliuose]] ir [[Panevėžys|Panevėžyje]], 2008 m. performuoti į valdybas. STT struktūriniai padaliniai atlieka konkrečias jiems pavestas funkcijas ir orientuojasi į tam tikras specifines veiklos sritis. 2019 m. dirbo 277 darbuotojai, iš jų apie 90 proc. valstybės pareigūnai ir 10 proc. darbuotojai, dirbantys pagal darbo sutartis.
