Naujos kartos sekoskaita: Skirtumas tarp puslapio versijų

Ištrintas turinys Pridėtas turinys
Žymos: Keitimas mob. telefonu Keitimas įskiepiu mobiliesiems
→‎GC tendencingumas: +vid. nuoroda
Žymos: Keitimas mob. telefonu Keitimas įskiepiu mobiliesiems
Eilutė 62:
=== GC tendencingumas ===
 
Ryškiausias perdengimo tendencingumas stebimas GC ar AT ekstremaliai turtingose genomų srityse, palindrominėse sekose ar invertuotuose pasikartojimuose]. Prie šio tendencingumo atsiradimo gali prisidėti „šlapiosios“ stadijos: DNR fragmentacija, adapterių ligavimas, bibliotekų padauginimas PGR metodu, kloninis šabloninių molekulių (angl. template) padauginimas tilteliniu (Illumina) ar padauginimo emulsijose (IonTorrent) būdu bei sekoskaita sintezės metu; ar sekoskaitos duomenų apdirbimo kompiuterinės stadijos: signalo apdorojimo ir bazių priskyrimo.
 
Paprasčiausias būdas įvertinti genomo perdengimo tendencingumus yra grafikas, vaizduojantis kintančios GC sudėties sričių (dažniausiai bendru susitarimu pasirenkamas 100 bazių srities ilgis (kitaip – lango dydis)) santykinį perdengimą (6 pav.). Yra rekomenduojama lango dydį pasirinkti lygų vidutiniam sekvenuojamų fragmentų ilgiui ir naudoti slenkantį per pusę vidutinio fragmentų ilgio langą. Ši rekomendacija nėra visiems priimtina, nes sukelia sunkumų lyginant duomenis tarpusavyje ir įveda galimybę manipuliuoti duomenimis. Santykinis perdengimas, tai tam tikros srities perdengimas padalintas iš vidutinio viso genomo perdengimo. Netendencingų sekoskaitos rezultatų neįtakoja fragmentų GC sudėtis ir todėl GC tendencingumų grafike ties vienetu gaunama tiesi santykinio perdengimo linija. Kadangi gamtoje nepasitaiko organizmų, kurių genomų GC sudėtis būtų pasiskirsčiusi per visą intervalą, tai sekoskaitos GC tendencingumas dažnai įvertinamas nuskaitant 3 genomus: vieną labai AT turtingą (pvz. ''Plasmodium falciparum'' 19%GC ar '' Staphylococcus aureus'' 33% GC), neutralią (''[[Escherichia coli]]'' 51% GC) ir GC turtingą (''Rhodobacter sphaeroides'' 69%GC, Rhodopseudomonas palustris 65%GC). Visi GC tendencingumui įvertinti naudojami mikroorganizmai turi turėti kokybiškai paruoštus prilyginamuosius genomus (angl. reference genome).
 
Perdengimo tendencingumui įvertinti ''Ross et al.'' siūlo sekoskaitos duomenyse analizuoti 6 skirtingus empiriškai parinktus motyvus (7 pav.):