[[Vaizdas:Jonavos tvenkinys.jpg|thumb|250px|Vienas iš [[Varnutės tvenkinys|Varnutės tvenkinių]]]]
Jonava įsikūrusi dešiniajame [[Neris|Neries]] krante. Miesto ribose į Nerį įteka [[Taurosta]], miestui[[Lankis]], [[Varnaka]]. Miestui būdingas raiškus reljefas. Yra gerai sutvarkytas gatvių tinklas (pagrindinės iš jų – [[Jono Basanavičiaus gatvė (Jonava)|Jono Basanavičiaus g.]], [[Vasario 16-osios gatvė (Jonava)|Vasario 16-osios g.]]), skverai ([[Ramybės skveras (Jonava)|Ramybės]]), parkai ([[Atminimo parkas|Atminimo]], [[Taurostos parkas|Taurostos]], [[Joninių slėnis]]), aikštės ([[Jonavos Sąjūdžio aikštė|Jonavos Sąjūdžio]], [[Santarvės aikštė (Jonava)|Santarvės]], [[Laikrodžio aikštė|Laikrodžio]]) bei tvenkiniai ([[Varnutės tvenkinys|Varnutės]]), išsidėstę tarp mikrorajonų. Priemiestiniai želdiniai – vieni būdingiausių Jonavos bruožų.
