Jonas Jurkūnas muzikos studijas pradėjo [[19961993]] m. nuo džiazo gitaros ir improvizacijos pamokų pas [[Stasys Daugirdas|Stasį Daugirdą]]. [[1996]] - [[2001]] m. džiazo gitaros studijas tęsė [[Vilniaus Juozo Tallat-Kelpšos konservatorija|Vilniaus Juozo Tallat-Kelpšos konservatorijoje]], estrados skyriuje. [[2001]] - [[2007]] m. studijavo kompoziciją [[Lietuvos muzikos ir teatro akademija|Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje]] [[Vytautas Barkauskas|Vytauto Barkausko]] klasėje, magistro studijas tęsė pas [[Rimantas Janeliauskas|Rimantą Janeliauską]]. [[2002]]-[[2003]] m. elektroakustinės ir instrumentinės kompozicijos studijas gilino [https://en.wikipedia.org/wiki/Conservatoire_national_sup%C3%A9rieur_de_musique_et_de_danse_de_Lyon Liono (Prancūzija) nacionalinėje muzikos ir šokio konservatorijoje] pas [http://brahms.ircam.fr/denis-lorrain Denisą Lorrainą] ir [http://brahms.ircam.fr/robert-pascal Robertą Pascalį]. Jonas Jurkūnas dalyvavo įvairiuose kompozitorių meistriškumo kursuose, kuriuose dėstė Louisas Andriessenas, Meredith Monk, „Bang on a Can“ kūrėjų grupė. <ref name=":1">Kompozitorius J. Jurkūnas: visi garsai teatre turi įtakos. Akvilė Melkūnaitė, Diena, 2020.2.21. https://www.diena.lt/naujienos/klaipeda/menas-ir-pramogos/kompozitorius-j-jurkunas-visi-garsai-teatre-turi-itakos-953781</ref>
[[2017]] m. J. Jurkūnas užbaigė doktorantūros studijas [[Lietuvos muzikos ir teatro akademija|Lietuvos Muzikos ir Teatro Akademijoje]]. Meninio tyrimo sritis – akusmatiškumas. Vadovai prof. dr. R. Kabelis, lekt. dr. M. Vilums.
