Žymiausias jo kūrinys – opera „Borisas Godunovas“ (1868−1874). Libretą
parašė pats kompozitorius pagal A. Puškino (žr. 1 t. skait.) tragediją. Ši istorinė liaudies muzikinė drama yra 4 veiksmų su prologu. Premjera įvyko Sankt Peterburgo Marijos teatre (žr. 6 t. skait.) 1874 m., kuri sulaukė didelės sėkmės.
Operoje vaizduojami XVI a. pab. Rusijos istorijos įvykiai. Tai netradicinė opera. Joje šalia pagrindinių veikėjų svarbus vaidmuo tenka liaudžiai. Tad kūrinyje labai reikšmingas choro vaidmuo. Jau prologe skamba choras „Ir kodėl palieki mus, tėve?“ Ypač ryškiai atskleistas sukilusios liaudies paveikslas 4-ajame veiksme.
Caro Boriso (bosas) muzikinis portretas labai prieštaringas – jis ir galingas valdovas, ir nuodėmių slegiamas žmogus, ir mylintis tėvas. Visi šie jo bruožai atsiskleidžia trijuose Boriso monologuose. Jie, grįsti rečitatyvinėmis-kalbinėmis intonacijomis, atskleidžia valdovo sielograužą.
