Mokėsi [[Kretinga|Kretingos]] pradinėje ir [[Žemaičių Kalvarija|Žemaičių Kalvarijos]] 4 klasių mokyklose, [[Vilnius|Vilniaus]] gimnazijoje, [[1822]] m. baigė [[Vilniaus universitetas|Vilniaus universitetą]], bet dėl [[filomatai|filomatų]]-[[filaretai|filaretų]] bylų teisių magistro diplomą gavo tik [[1825]] m. Iškart po to išvyko į [[Ryga|Rygą]], kur tarnavo Rygos generalgubernatoriaus kanceliarijoje.
Nuo [[1835]] m. [[Senatas|Senato]] valdininkas [[Peterburgas|Sankt Peterburge]], didesnę tarnybos dalį dirbęs už [[Lietuvos Metrika|Lietuvos Metriką]] atsakingame Senato padalinyje. S. Daukanto ir jo bendražygių pastangomis iš carinės valdžios [[1841]] m. gautas leidimas steigti parapijines lietuviškas mokyklas Lietuvoje. Šis leidimas legalizavo jau veikiančias mokyklas ir leido plėsti jų tinklą, kas labai prisidėjo prie [[lietuvių kalba|lietuvių kalbos]] išlaikymo ir plėtojimo.
Jau Sankt Peterburge pradėjo bendradarbiauti su [[Motiejus Valančius|Motiejumi Valančiumi]]. [[1850]] m. grįžo į [[Žemaitija|Žemaitiją]]. S. Daukantas tikėjo lietuvių tautą atgaivinti kultūrinės veiklos keliu, nematė politinio išsivadavimo iš [[Rusijos imperija|Rusijos imperijos]] realių perspektyvų, tad, nors ir prijausdamas, pats nedalyvavo nei [[1831 m. sukilimas|1830–1831 m.]], nei [[1863 m. sukilimas|1863–1864 m. sukilimuose]].
