[[1941]] m., spaudžiamas okupacinės valdžios, parašė pro-sovietinę kantatą, dramą „Apyaušrio dalia“. Jau pirmosiomis [[2PK|karo]] dienomis buvo kaltinamas už 1940–1941 m. parodytą palankumą sovietų valdžiai, siūlyta net sušaudyti. [[1943]] m. [[kovo 16]] d. jis, kaip įkaitas, vokiečių suimtas ir išvežtas į [[Štuthofas|Štuthofo]] koncentracijos stovyklą prie [[Gdanskas|Gdansko]]. Pradėjęs dirbti lagerio raštinėje (nes mokėjo daug kalbų), klastojo įsakymus ir taip gelbėjo draugus nuo bausmių, dujų kameros. [[1945]] m. jį išlaisvino sovietinė armija, [[gegužės 13]] d. buvo parskraidintas į Lietuvą. Čia jis dėstė [[Vilniaus universitetas|Vilniaus universitete]]. Deja, koncentracijos stovyklos patyrimai stipriai paveikė ne tik dvasinę, bet ir fizinę menininko būklę.
Įspūdžiai koncentracijos stovykloje įkvėpė parašyti smarkiai nuo ankstesnių kūrinių besiskiriantį, ironijos persmelktą [[Dievų miškas (knyga)|atsiminimų knygą „Dievų miškas“]]. Ji sukurta 1945 m., per du mėnesius, besigydant [[Birštonas|Birštono]] sanatorijoje. Knyga po begalės korektūrų išleista tik po B. Sruogos mirties – [[1957]] m. Originali versija – tik naujausiuose leidimuose. Palaidotas [[Rasų kapinės]]e.
