Žaidimo veiksmas vyksta fantastiniame ''Alrest'' pasaulyje, kuriame milžiniški gyvūnai − titanai, plaukioja Debesų jūroje, kuriokurios centre yra Pasaulio medis. Ant titanų gyvena žmonės, įsikūrusios ištisos valstybės. Šis pasaulis palengva nyksta išmirštant titanams − su jų mirtimi išnyks ir žmonių civilizacijos. Žaidėjas pradeda valdyti berniuką Rex, kuris su mažu titanu užsiima senovės civilizacijų liekanų paieškomis Debesų jūroje ir jomis prekiauja. Vieną dieną grupė galingų karių pasamdo jį padėti iškelti senovinį laivą iš Debesų jūros dugno. Iškėlus laivą jame randamas galingas praeities [[ginklas]] − ''Aegis'', kuris yra ne kas kita, kaip mergaitė, vardu Pyra. Ją radus Rex nužudomas kaip nereikalingas liudininkas, tačiau Pyra suteikia Rex pusę savo gyvybės galių ir jį išgelbsti nuo mirties. Rex pažada Pyrai su ja nuvykti į Pasaulio medį, vietą, vadinamą Eliziejumi, iš kurios kilę visi žmonės, kas galėtų išgelbėti ir juos, ir visą pasaulį nuo sunykimo. Pyra tampa Rex ginklu (''Blade''), o Rex − ginklo valdytoju (''Driver'').
