[[Vokiečių ordinas|Vokiečių ordino]] pilis pastatyta [[1255]] m. buvusios [[sembai|sembų]] gyvenvietės Tvankstos (arba '''''Tvangystės''''') vietoje. Šalia pilies susikūrė trys miestai, turintys savivaldą – ''Altstadt'' ('''''Senamiestis'''''), ''Löbenicht'' ('''''Liepininkai''''') ir ''Kneiphof'' ('''''Knypava'''''), kurie į vieną miestą sujungti tik [[1724]] m. Karaliaučius tapo [[Semba|Sembos]] vyskupystės, vienos iš keturių [[Prūsija|Prūsijos]] diecezijų, centru, atskiri miestai buvo įstoję į [[Hanza|Hanzos]] miestų sąjungą. [[1544]] m. paskutinio Vokiečių ordino magistro ir pirmojo Prūsijos hercogo [[Albrechtas Brandenburgietis|Albrechto]] įkurtas tuometinis [[Karaliaučiaus universitetas|Albertinos universitetas]] (nuo [[2005]] m. – ''Rusijos valstybinis Imanuelio Kanto universitetas'') yra pirmasis protestantiškas universitetas šiame Europos regione, kurio steigime didelį vaidmenį suvaidino lietuviai [[Stanislovas Rapalionis]] ir [[Abraomas Kulvietis]]. [[1466]] m. [[Lenkija]]i prisijungus žemes su [[Marienburgas|Marienburgu]] ir [[Olštynas|Olštynu]], Karaliaučiaus pilis tapo pagrindine Ordino rezidencija.
Po Vokiečių ordino sekuliarizacijos [[1525]] m. miestas tapo Prūsijos hercogystės, kuri buvo Lenkijos karalystės [[lenas]], sostine. [[1701]] m. [[Brandenburgas|Brandenburgo]] kurfiurstas [[Frydrichas III (Branderburgas)|Frydrichas III]] Karaliaučiuje karūnavosi Prūsijos karaliumi Frydrichu I. Nuo [[1773]] m. buvo [[Rytų Prūsija|Rytų Prūsijos]] provincijos sostine.
