[[1966]] m. „Neptūnas“ laimėjo draugišką „Žalgirio“ draugijos krepšinio čempionatą „Žalgiris“, o kitais metais su tapačia sudėtimi užėmė antrą vietą.
Nuo [[1970]] m. vyko nuolatinė kaita tarp komandos trenerių ir žaidėjų, todėl komanda geresnių rezultatų nepasiekė. [[1975]] m. Klaipėdos bendruomenė nutarė pakeisti komandos sudėtį, į ją įtraukiant žaidėjus iš Klaipėdos ir [[Žemaitija|Žemaitijos]] krašto, kurie dar taip pat buvo baigę mokslus [[Vilnius|Vilniuje]] ir [[Kaunas|Kaune]]. Naujų jaunų žaidėjų dėka per dvejų metų laikotarpį buvo pasiekta aukštesnių rezultatų. Tarp jų trečia vieta Lietuvos „Spartakiadoje“ [[1981]] m., antra vieta laikraščio „Sportas“ turnyre [[1982]] m. bei pirma vieta Tarybų Sąjungos Profesionalų sąjungosProfsąjungų čempionate.
Tačiau [[1988]] m. sėkmė nuo komandos nusisuko ir ji iškrito iš Lietuvos krepšinio elito. Po dvejų metų įsteigus [[Lietuvos krepšinio lyga|Lietuvos krepšinio lygą]], „Neptūnas“ buvo pakviestas dalyvauji turnyre kaip viena iš aštuonių geriausių šalies komandų. Pradžioje komanda nerodė įspūdingų rezultatų, bet su laiku žaidimo lygis ėmė gerėti. „Neptūnas“ buvo dažnas atkrintamųjų dalyvis LKL, bet retai kada komanda perkopdavo ketvirtfinalio barjerą.
Eilutė 44:
=== 2013–14 m. sezonas: pirmą kartą LKL finalo dalyviai ===
2012–14 m. sezonas buvo nekąnemažiau įsimintinesnisįsimintinas. Reguliariajame sezone „Neptūnas“ keliskart įveikė LKL čempionus [[Kauno Žalgiris|Kauno „Žalgirį“]] rezultatu 81:73 [[Švyturio arena|„Švyturio“ arenoje]] ir rezultatu 79:88 [[Žalgirio arena|„Žalgirio“ arenoje]]. Reguliariajame sezone „Neptūnas“ užėmė trečią vietą ir susitiko su [[Šiaulių Šiauliai (krepšinio klubas)|Šiaulių „Šiauliais“]] ketvirtfinalyje. Įveikusi Šiaulius serijoje 2–1, komanda žengė į pusfinalį, kur susitiko su [[Prienų Prienai|Prienų „TonyBet“]] komanda ir įveikė juos serijoje 2–0 bei pirmą kartą klubo istorijoje žengė į LKL finalą,<ref>[http://www.lrytas.lt/sportas/krepsinis/vel-tonybet-prazudes-m-mazeika-su-neptunu-lkl-finale.htm Vėl „TonyBet“ pražudęs M.Mažeika su „Neptūnu“ – LKL finale]. [[Lietuvos rytas]].</ref> kur susitiko su reguliariajame sezone nurungtu „Žalgiriu“. Krepšinio ekspertai neprognozavo didelių šansų Klaipėdos komandai. Nepaisant to, kovingai atrodęs „Neptūnas“ laimėjo savo arenoje pirmąjį mačą rezultatu 71:59. Vėliau sekė trys nesėkmes iš eilės. Ketvirtose rungtynėse „Neptūnui“ pavyko sugrąžinti intrigą finalo serijoje po to, kai buvo laimėta 87:86, tačiau kitose rungtynėse „Žalgiris“ įrodė savo pranašumą rezultatu 90:70. Tarptautiniuose turnyruose „Neptūnui“ viskas nesiklostė taip gerai kaip LKL, [[Eurotaurė|Europos taurėje]] laimėtos vos keturiosketverios rungtynės ir į antrąjį turą nepatekta. Tuo tarpu VTB lygoje laimėtos penkerios rungtynės ir užimta 10-a vieta. Po itin gero sezono LKL, [[2014]] m. [[birželio 25]] d. „Neptūnui“ buvo leista sudalyvauti [[Eurolyga|Eurolygoje]].<ref>[http://www.delfi.lt/sportas/krepsinis/klaipedos-neptunas-priimtas-i-eurolyga.d?id=65133637 Klaipėdos „Neptūnas“ priimtas į Eurolygą]. [[Delfi.lt]].</ref>
