Nuo [[2007]] m. Lietuvos generalinio policijos komisaro sudarytos Visuomeninės policijos tarybos narys.
2009 m. Panevėžio apygardos prokuratūra teismui perdavė baudžiamąją bylą, kurioje M. Misiukonis kaltinamas genocidu – dalyvavimu operacijoje, kurios tikslas tariamai buvo fiziškai sunaikinti paskutinįjį Aukštaitijos partizaną [[Antanas Kraujelis|Antaną Kraujelį]]-„Siaubūną“. 2011 m. pradžioje byla dar nebuvo baigta nagrinėti.<ref>[http://www.aina.lt/naujienos/panevezys/15608-garsi-genocido-byla-grimzta-i-uzmarsties-liuna.html Darius Krasauskas. „Garsi genocido byla grimzta į užmaršties liūną“]</ref> [[2016]] m. vasario mėn. Aukščiausiasis Teismas galutinai išteisino M. Misiukonį dėl genocido už jo vaidmenį sulaikant A. Kraujelį–„Siaubūną“. Aukščiausiasis Teismas nustatė, kad „nėra pagrindo teigti, kad M. Misiukonis, atlikdamas veiksmus, suvokė, jog dalyvauja sulaikant būtent A. Kraujelį, kaip partizaną“.<ref>[http://lietuvosdiena.lrytas.lt/kriminalai/auksciausiasis-teismas-galutinai-isteisino-m-misiukoni.htm Aukščiausiasis Teismas galutinai išteisino M. Misiukonį]</ref>
[[2016]] m. vasario mėn. Aukščiausiasis Teismas galutinai išteisino M. Misiukonį dėl genocido už jo vaidmenį sulaikant A. Kraujelį–„Siaubūną“. Aukščiausiasis Teismas nustatė, kad „nėra pagrindo teigti, kad M. Misiukonis, atlikdamas veiksmus, suvokė, jog dalyvauja sulaikant būtent A. Kraujelį, kaip partizaną“.<ref>[http://lietuvosdiena.lrytas.lt/kriminalai/auksciausiasis-teismas-galutinai-isteisino-m-misiukoni.htm Aukščiausiasis Teismas galutinai išteisino M. Misiukonį]</ref>
