Biblioteką prieš mirtį J. Pliateris testamentu paliko S. Stanevičiui. Šis greitai po to persikėlė gyventi pas buvusio savo globėjo brolį Kazimierą Pliaterį į [[Stemplės|Stemplių]] dvarą ir rūpinosi biblioteka 12 m., iki pat savo mirties. Po to biblioteka buvo pervežta į Gedminaičius. Bibliotekos vertės čia daug kas, ypač tarnai, nežinojo, todėl dalis spaudinių ir kitų bibliotekos kultūros vertybių Gedminaičiuose sunaikinta.
[[1900]] m. J. Pliaterio biblioteka pervežta į [[ŠvėkšnaŠvėkšnos dvaras|Švėkšnos]] dvarą]], o [[1910]] m. didelis knygų mylėtojas ir kolekcionierius [[Marijonas Pliateris]] šią biblioteką išsivežė į [[Veprių dvaras|Veprių dvarą]], prie [[Ukmergė]]s. Prasidėjus [[Pirmasis pasaulinis karas|Pirmajam pasauliniam karui]] Pliateris pasitraukė iš dvaro, bet [[1915]] m. susitarė su vietos klebonu, kad šis toliau globos didžiausias bibliotekos vertybes. Tada buvo paslėptos 6 dėžės Pliateriams priklausiusių knygų ir maišas svarbių dokumentų. Likusioji J. Pliaterio bibliotekos dalis vokiečių kaizerinės okupacijos metais stipriai nukentėjo. [[1919]] m. išlikusią J. Pliaterio bibliotekos dalį įsigijo Lietuvos centrinis knygynas ir knygos atsidūrė [[Lietuvos universitetas|Kauno universiteto]] bibliotekoje, o vėliau – Vilniaus Martyno Mažvydo bibliotekoje.
