Veiklos auditą atlieka [[Valstybės kontrolė]], pagal dviejųdvejų metų trukmės programą, kurioje audito objektai nustatomi pagal jų svarbą ir [[rizika|rizikos]] laipsnį. [[Biudžetas|Biudžeto]] programų veiklos auditas dažniausiai atliekamas arba programas įgyvendinant, arba jas įgyvendinus. Metinėje veiklos ataskaitoje Valstybės kontrolė pagal audituojamas sritis pateikia plačią veiklos audito rezultatų apžvalgą. Veiklos audito rezultatai pateikiami [[Seimas|Seimo]] Audito pakomitečiui ir kitiems komitetams, o ataskaitos viešai prieinamos visuomenei
