Generalinę prokuratūrą sudaro departamentai ir skyriai. Generalinės prokuratūros departamentui vadovauja departamento vyriausiasis prokuroras, direktorius ir jų pavaduotojai, skyriui – skyriaus vyriausiasis prokuroras, skyriaus vedėjas.
Generalinėje prokuratūroje sudaroma patariamoji institucija – Lietuvos Respublikos prokuratūros [[kolegija]]. Kolegijos pirmininkas yra generalinis prokuroras, jos nariai – generalinio prokuroro pavaduotojai ir apygardų vyriausieji prokurorai. Į kolegiją nariais generalinio prokuroro sprendimu gali būti įtraukti ir kiti prokurorai. Į kolegijos posėdį gali būti kviečiami [[teisėjas|teisėjai]], teisėsaugos ir kitų valstybės institucijų vadovai ar jų įgalioti atstovai. Kolegijos sudėtį ir veiklos nuostatus įsakymu tvirtina generalinis prokuroras <ref>[http://www3.lrs.lt/pls/inter3/dokpaieska.showdoc_l?p_id=350058&p_query=&p_tr2= LR prokuratūros įstatymo 7 straipsnis „Generalinė prokuratūra“]</ref>.
