[[1945]] m. [[sausio 1]] d. [[Kauno technologijos universiteto Vaižganto progimnazija|Kauno VI gimnazija]] padalinta į VI berniukų ir VII mergaičių gimnazijas. Mokyklų direktoriumi paskirtas Vladas Šalčiūnas. Abi gimnazijos dirbo tame pačiame pastate, mergaitės mokėsi ryte, per pirmąją pamainą. [[1950]] m. pertvarkius miesto mokyklų tinklą, Kauno VII gimnazija buvo pavadinta Kauno 7-ąja vidurine mokykla, o rugsėjo 1 d. perkelta į V Kranto gatvę. Tai jau buvo mišri mokykla. [[1968]] m. lapkričio mėn. baigtas statyti naujas tipinis mokyklos pastatas Vokiečių gatvėje Nr. 164. [[1991]] m. Kauno 7-toji vidurinė mokykla pradėjo dirbti be pradinių klasių, nes suformuota I-oji pradinė mokykla. [[1996]] m. mokyklai suteiktas Šančių vidurinės mokyklos vardas. Nuo [[1998]] m. mokykloje pradėtas profilinis mokymas. [[2015]] m. mokykla perreorganizuota į pagrindinę mokyklą.
