Kaimo gilią senovę mena [[1957]] m. kasant [[Žvyras|žvyrą]] suardyti kapai ([[Seiliūnų kapinynas]]) su gausiomis [[Įkapės|įkapėmis]]. Pagal jas archeologai nustatė, kad čia laidoti žmonės IV–V šimtmečiais. Tokių radinių rasta dar [[1968]] ir [[1971]] m. Jie saugomi Vilniaus muziejuje. [[1547]]-–[[1559]] m. Seiliūnai jau buvo ir priklausė Radvilų dvarui [[Seirijai|Seirijuose]]. Vėliau, [[1688]] m., kaimas atiteko Prūsijos elektoriams. Esant Prūsijos valdovų nuosavybėje, jame buvo apgyvendinta keletas šeimų vokiečių kolonistų, kurių dauguma buvo amatininkai. 1917 m. kaime gyveno – 221 žmogus.
Nepriklausomybės metais ([[1920]] m.) Seiliūnuose įsteigta pradžios mokykla, kurią lankė Seiliūnų, Mankūnėlių. Seirijočių ir Roičių kaimo vaikai. Mokykla iš pradžių glaudėsi ūkininkų pirkiose, tačiau vėliau ūkininkas Jonas Bražinskas savo lėšomis pastatė atskirą pastatą.
