[[1885]] m. dabartinės miesto žemės, vadintos ''Confluencia'', parduotos aukcione. Čia gyvenusios indėnų [[mapučiai|mapučių]] ir [[teuelečaiTeuelčai|teuelečųteuelčų]] gentys palaipsniui išnaikintos. [[1902]] m. miestą pasiekė geležinkelis. Neukenas oficialiai įkurtas [[1904]] m. [[rugsėjo 12]] d., o teritorijos centras čia perkeltas iš [[Čos Malalis|Čos Malalio]]. Miesto pavadinimas kilo iš [[mapudungunų kalba|mapudungunų k.]] žodžio ''Nehuenken'', reiškiančio „vėjuotas“. [[1930]] m. čia gyveno tik 5000 gyventojų. [[1960]] m. YPF kompanija apylinkėse rado [[nafta|naftos]] telkinių. Neukenas pradėjo sparčiai augti. [[1970]] m. įkurtas ''Comahue'' valstybinis universitetas.
