Membrana (sienelės), citoplazma, branduolys, mitochondijosmitochondrijos, ribosomos, virškinamosios vakuolės, pulsuojančios vakuolės ir kt. Ląstelės išorinė membrana sudaryta iš 3 sluoksnių. Kartais ji sukietėja ir virsta pelikule, kuri palaiko pastovią kūno formą. Membrana gali būti labai plona ir formos nepalaikyti. Kai kurie pirmuonys turi išorinį skeletą sudaryta iš kalcio karbonato arba silicio dioksido. Pelikulė sudaryta iš plazminės membranos ir po ja esančio citoskeleto, kurį gali sudaryti papildomos membranos, mikrovamzdeliai, mikrofilamentai, baltyminės plokštelės. Pirmuonių citoplazma skirstoma į ektoplazmą ir endoplazmą.Ektoplazma yra arčiau sienelės, skaidresnė ir klampesnė, o endoplazma yra skystesnė ir joje yra daugiau intarpų. Citoplazmoje apie maisto dalelę susidaro virškinamoji vakuolė, iš pradžių jos turinys rūgštus, o vėliau – šarminis. Nesuvirškintos dalėlės iš organizmo šalinamos pro bet kurią ląstelės vietą, o jei ją gaubia pelikulė – pro specialią angelė – citoproktą. Gėlame vandenyje gyvenantys pirmuonys turi pulsuojačias vakuoles, kuriomis šalinamas vandens perteklius. Pirmuonys gali turėti vieną ar daugiau branduolių. Pirmuonių branduolyje yra karioplazma, chromatinas ir branduolėliai. Chromatiną sudaro DNR ir baltymai, o branduolėlius – RNR ir baltymai.
