Nors Boruta nuo 2005 m. eina Lietuvos Vyskupų Konferencijos Ekumeninių reikalų tarybos pirmininko pareigas<ref>[http://lvk.lcn.lt/naujienos/,66 Lietuvos Vyskupų Konferencijos 2005 m. rugsėjo 20-21 plenarinis posėdis]</ref>, vyskupas kritiškai vertina katalikų ir kitų krikščioniškškrikščioniškų srovių dialogą<ref>[http://www.bernardinai.lt/straipsnis/2011-01-25-vyskupas-j-boruta-primityviu-prisitaikymu-kelias-prazutingas/56634 Vyskupas J. Boruta. „Primityvių prisitaikymų kelias – pražūtingas“]</ref><ref>[http://www.lrytas.lt/-12963779841294117315-ekumenizmas-pagal-vyskupą-j-borutą.htm Ekumenizmas pagal vyskupą J. Borutą]</ref>. Dar daugiau kritikos sulaukė vyskupo poelgis minint [[Maironis|Maironio]] 150-ąsias gimimo metines, kuomet vyskupo vadovaujama Telšių vyskupija uždraudė Maironio sukurtas eiles ir giesmes atlikti bažnyčioje Palangoje, nes kai kurie klasiko eilėraščiai, anot vyskupo, neatitinka Vatikano patvirtintų Bažnyčios kanonų.<ref>[http://www.lrytas.lt/?data=20120816&id=akt16_a1120816&sk_id=99&view=2]</ref>
