Mokykla gyvuoja nuo [[1934]] m.]] Uždariusuždarius Mokytojų seminariją, [[1934 m.]] rudenį iš mišrios gimnazijos visos mergaitės perkeltos į šios seminarijos patalpas. Naujoji mokykla pavadinta mergaičių gimnazija, vėliau Marijampolės 2-ąja vidurine mokykla. Joje buvo apie 16 klasių, ji veikė iki [[1940]] m.]] Pirmuoju mokyklos direktoriumi nuo [[1934 m.]] [[rugpjūčio 1]]|rugpjūčio 1 d.]] paskirtas buvęs Mokytojų seminarijos direktorius [[Feliksas Treigys]], kuris mokyklai vadovavo iki [[1940 m.]] Jis buvo pažangus pedagogas, geras matematikas, rūpestingas, teisingas, autoritetingas direktorius.
[[1940 m.]] valstybinės berniukų ir mergaičių gimnazijos, taip pat vienuolių [[marijonai|marijonų]] klasikinė bei [[žydai|žydų]] gimnazija sujungtos į dvi mišrias. 1940–[[19411940 m.|1940]]–[[1941 m.]] gimnazija pradėjo darbą pedagoginės mokyklos patalpose.
Prasidėjus [[Antrasis pasaulinis karas|Antrajam pasauliniam karui]] [[1941 m.]] mokykla perkelta į buvusią Marijonų gimnaziją. Okupantai neleido vadovėlių, vyko represijos. Okupacijos metais mokyklos vadovybė, mokytojai stengėsi palaikyti lietuvišką dvasią. Už tai mokyklos direktorius Zigmas Masaitis suimtas, išvežtas į Štuthofo [[koncentracijos stovykla|koncentracijos stovyklą]] ir ten nukankintas. Lagerio kančias patyrė ir M. Kriaučiūnas, tačiau išliko gyvas ir grįžo į Marijampolę.
[[1944 m.|1944]]–[[1945]] m.]] gimnazija perkelta į [[Marijampolės Rygiškių Jono gimnazija|Jono Jablonskio vidurinės mokyklos]] patalpas, ten buvo dirbama 2 pamainomis. Po karo visos mokyklos, tarp jų ir II gimnazija, atrodė nepavydėtinai: langai išdaužyti, archyvai išmėtyti, bibliotekos išdraskytos. Viską reikėjo iš naujo atkurti. [[1949]] m.]] gimnazijos buvo paverstos vidurinėmis su 11 metų mokymu.
1944–[[1950]1944m|1944]–[[1950 m.]] mokykla naudojosi I gimnazijos patalpomis. [[1951]] m.]] mokykla pradėjo dirbti buvusios Marijonų gimnazijos patalpose. Mokykla plėtėsi ir jau nesutalpino visų norinčiųjų. Naujos mokyklos kertinis akmuo padėtas [[1958]] m.]], laukta rugsėjo 1-oji išaušo [[1961]] m.]]
[[2002]] m.]] [[rugsėjo 1]]|rugsėjo 1 d.]] mokykla pavadinta [[Rimantas Stankevičius|Rimanto Stankevičiaus]] vardu.
