[[Renesansas|Renesanso]] architektūros stiliaus bažnyčia buvo statoma [[1610]]-[[1619]] metais, kurios steigėjai buvo iš [[Vilnius|Vilniaus]] [[1602]] m. į miestą atvykę dominikonų vienuoliai. Pagrindinis bažnyčios steigėjas buvo ''[[Jurgis Grodzinskis'']] ({{pl|Jerzy Grodziński}}). Bažnyčią [[1632]] m. pašventino [[Jurgis Tiškevičius]]. [[1706]] m. prie bažnyčios buvo pastatytas vienuolynas. [[1760]]-[[1779]] m. bažnyčia buvo perstatyta [[barokas|baroko]] architektūros stiliumi. Pagrindinė bažnyčios perstatymo remėja buvo ''[[Rožė Pliaterytė Strutinska'']] ({{pl|Róża z Platerów Strutyńska}}). Perstačius bažnyčią pasikeitė ir jos fasadas, priekinėje dalyje pastatyti du bokštai. Šiaurinėje bažnyčios dalyje stovėjusi varpinė buvo nugriauta. [[1804]] m. kai bažnyčia priklausė [[Prūsijos karalystė|Prūsijos karalystei]] ji paversta [[parapija|parapijine]] bažnyčia. [[1818]] m. bažnyčiai suteiktas [[katedra|katedros]] statusas. Čia buvo įsikūrę [[Augustavo vyskupija|Augustavo vyskupijos]] [[vyskupas]], kurija ir kunigų seminarija. [[1925]] m. panaikinus [[Augustavo vyskupija|Augustavo vyskupiją]] bažnyčia prarado katedros statusą. [[1973]] m. bažnyčiai suteiktas mažosios bazilikos statusas, o [[2005]] m. tapo Seinų-Vygrių kolegiatu.
