Jo motina Ankhesenpepi II (jos vardas skirtingai tariamas) [[Ankhnesmerirė]] labiausiai tikėtina vadovavo kaip regentas jo viešpatavimo vaikystėje. Statybinė statulėlė Bruklino Muziejuje vaizduoja jauną Pepi II, su karališkomis regalijomis, sėdintį ant motinos kelių. Nepaisant jo ilgo viešpatavimo, ši dstatulėlė yra vienas iš tiktai trijų žinomu 3-ojo VI dinastijos valdovo atvaizdu (t.y. skulptūrinis). Karalienei motinai galbūt padėjo valdyti savo ruožtu jos brolis Djau, kuris buvo viziris ankstesnio faraono dvare.
