Nuo [[1996]] m. kovo mėn. - Lietuvos Respublikos Konstitucinio Teismo teisėjas, taip pat dėstė Vilniaus universiteto Teisės fakultete; buvo Lietuvos teisininkų draugijos valdybos narys.
[[2008]] m. birželio 18 d. Prezidentas [[Valdas Adamkus]] pasiūlėte J. Prapiestį laikinai skirti Lietuvos Aukščiausiojo Teismo pirmininku. Dėl šio skyrimo sukilo visuomeninės organizacijos, teigusios, jog J. Prapiestis dirbdamas [[1992]]-[[1996]] m. [[LDDP]] Vyriausybėje, teisingumo ministru leido [[EBSW]] koncernui perimti daugiau nei pusantro šimto sėkmingai dirbusių šalies įmonių, kurios vėliau buvo sužlugdytos. Taip pat perdavė į EBSW koncerno rankas Valstybinį komercinį banką ir teikė šiam koncernui dosnias paskolas su valstybės garantija. To pasekoje piliečiai ir valstybė prarado daugiau nei du milijardus litų – tuo metu tai sudarė pusę metinio Lietuvos biudžeto. <ref>[http://www.bernardinai.lt/index.php?url=articles%2F81130 www.bernardinai.lt "Piliečių santalka atkreipia Prezidento dėmesį į J. Prapiesčio sąsajas su EBSW byla" 2008-06-27]</ref> Kaltinimą dėl Valstybinio komercinio banko perleidimo EBSW koncernui J. Prapiestis atrėmė, nurodydamas [[1992]] m. jo pasirašytą raštą , kuriuo Teisingumo ministerija, pateikdama išvadą dėl Lietuvos valstybinio komercinio banko laikinojo statuto pakeitimo, nurodė, kad Vyriausybė pažeidė įstatymus. Ir kad taip buvo sudarytos sąlygos banko privatizavimui.<ref>[http://www.lzinios.lt/lt/2008-07-11/didysis_interviu/nesu_bajoras_ar_ir_tai_mano_kalte.html www.lzinios.lt 'Nesu bajoras - ar ir tai mano kaltė?' 2008-07-11]</ref>
