Klubas įkurtas 2017 m. Pradėjo nuo regioninių pirmenybių. 2019 m. rungtyniavo Ketvirtoje lygoje.
2020 m. rungtyniavo Trečioje lygoje. 2021 m. tapo Trečios lygos nugalėtojais.
2022 m. rungtyniavo Antroje lygoje ir užėmė antrą vietą. Rungtyniavo pereinamosiose rungtynėse dėl patekimo į aukščiausią lygą, tačiau nepavyko nugalėti varžovų. Pirmosiose rungtynėse, įvykusiose 2022 m.gruodžio 8 d., FC Gagra nugalėjo „Spaeri“ klubą rezultatu 2:0.[1] Atsakomosioe rungtynėse, įvykusiose 2022 m.gruodžio 12 d. po pagrindinio laiko rezultatu 2:0 pirmavo „Spaeri“. Pratęsimo metu ekipos apsikeitė įvarčiais ir pagrindinis laikas baigėsi rezultatu 3:1.[2] Baudinių serijoje tikslesni buvo FC Gagra futbolininkai, nugalėję 5-4, išsaugojo vietą stipriausioje šalies lygoje.
Pereinamosios rungtynės
